La cárcel de San Juan, en su nueva ubicación en Puerta de Tierra, se terminó en 1887, bajo alcalde Martínez Monge y entró en funciones el 21 de agosto de 1888 con el traslado a la misma de cuarenta y seis presos "de condena" de la vieja cárcel". Desde su inauguración, todo el edificio fue recinto carcelario. Dos años antes el ayuntamiento había desistido de la idea de alojar en el mismo edificio la escuela de artes y oficios y la cárcel, consciente de que no podría sostener los gastos de ambas instituciones, y obligado por la necesidad de aumentar las facilidades carcelarias.

En su diseño se utilizó una planta en forma de E, siendo el lado más largo su fachada principal y el brazo central más corto que los laterales; con tres naves separadas por amplios patios para mejor ventilación y segregación de los pacientes según su sexo y enfermedad. En la planta principal, el brazo central corresponde a una monumental escalera y a la capilla, ambos de doble altura. Entre los brazos se encontraban patios a los cuales abrían las galerías de los pisos. En la obra se reflejan los modelos europeos para instituciones de tratamiento de enfermos. En el ala central de cada edificio hay una capilla coronada con cúpula. La del Hospital Civil se encuentra detrás de la escalera principal del edificio. Enormes aljibes recogen el agua de lluvia en los patios. Las entradas principales muestran un tratamiento especial, con columnas, frontón neoclásico y sencillo almohadillado. Tres pabellones, uno en el centro y uno a cada extremo, sobresalen del plano de la fachada, definiendo la entrada principal y terminando la fachada. Sencillas pilastras en ambos niveles modulan las fachadas y enmarcan la hilera de ventanas con arcos en ambos niveles. La entrada se enfatiza por un pórtico que sostiene un pedimento. Sus únicos ornamentos son unas secciones de paredes estriadas en el primero piso: la entrada y las esquinas. Este esfuerzo por proveer al edificio de un toque de elegante nobleza prevaleció en el siglo 19 aún en circunstancias de estrechez de presupuesto; de gran solidez, admirablemente proporcionado, y , a pesar de la severidad de sus líneas y de la escasa ornamentación de la fachada, de agradable aspecto.

Reformas estructurales de la cárcel de San Juan en Puerta de Tierra: 1888-1895

Ignoramos la distribución original de los departamentos de la cárcel al momento de establecerse en Puerta de Tierra en 1888. Sólo se conoce la dispuesta en el proyecto del arquitecto Arturo Guerra ideado en 1880 para trasformar el lado oeste del edificio "Hospital Civil" en cárcel. Según este proyecto, las habitaciones de confinados se distribuían de acuerdo a un criterio de seguridad. El segundo piso del edificio alojaría a los presos con condenas más severas, y el primer piso, a los reclusos con penas leves. Se diseñaron reformas estructurales para que la capilla, originalmente concebida como capilla abierta en el ala del edificio, se ubicase en el centro de la cárcel para que fuese accesible a todos los presos desde ambos niveles del edificio. En la planta alta estarían ubicadas la enfermería, las galeras de mujeres no sentenciadas y las que cumplían condena, la galera de hombres y menores cumpliendo condena, los calabozos y la sala para visitas de cárcel del tribunal de la Audiencia. En el primer piso estarían localizadas las habitaciones del alcaide, el sota-alcaide o vice-alcaide, el custodio de las llaves, la galera de los detenidos preventivamente, el departamento de procesados no sentenciados y los cuartos de baño. El presupuesto asignado para estas reformas ascendió a 17,000 pesos. No obstante, en 1886 se decidió que la cárcel ocuparía la totalidad del edificio, lo que alteraba necesariamente la distribución pensada por guerra en 1880.

Durante la década del 1890 la administración de la cárcel de San Juan distribuyó a sus confinados por departamentos utilizando los criterios de separación que mejor podían garantizarle la seguridad en su custodia. Procuró distribuirlos de acuerdo al tipo de reclusión, sexo, edad, y condición preferente de los confinados.

La descripción más temprana que hemos encontrado de la estructura interna de la cárcel data de 1892, y nos sugiere que, durante sus primeros años, se mantuvo la distribución de las galeras en la forma sugerida por el arquitecto Arturo Guerra, sí bien adaptando el plan a la totalidad del edificio. 

Durante el bombardeo a San Juan por la escuadra norteamericana en 1898, estaban presos,  en la sala de preferencia, Antonio Salgado Izquierdo, detenido en Bayamón por la Guardia civil en la noche del 4 de mayo por sospechas de que fuese afecto a los americanos; Rafael Arroyo, Manuel Catalá Dueño y el doctor Juan Rodríguez Spuch, de Yauco, por los mismos motivos; Santiago Iglesias -hoy senador-, por asuntos políticos; Vicente Mascaró, por ataques en la Prensa a Muñoz Rivera, y Freeman Halstead, corresponsal del Herald, a quien se seguía procedimiento militar. Todos dormían en catres de tijera. Poco más de las cinco de la mañana serían cuando sonaron los primeros cañonazos.

La propuesta de abandonar el edificio de Puerta de Tierra y mudar la cárcel en su totalidad a otro más apropiado a sus funciones surgió en las postrimerías de la década, durante el mes de diciembre de 1898.  Se consideró el viejo edificio del Presidio Provincial en el Paseo de la Princesa, cerca del puerto, del cual se rumoraba que habría de trasladarse a la Isla de Culebra. Presentó la propuesta el vocal de la Junta Auxiliar, Emilio Ginorio. Denunciaba éste el hacinamiento de reclusos que, con el correr del tiempo, había ido creándose en el recinto de Puerta de Tierra, debido a que el espacio interior, distribuido en su origen para hospital, no permitía la adecuación de espacios necesaria en la institución penal. Algunas áreas cercadas por paredes resultaban muy pequeñas para acomodar a los reclusos, mientras que en las más amplias se había concentrado un número mayor de los que en realidad cabían. Esas razones y la falta de seguridad que la misma aglomeración de reclusos ocasionaba, llevaron a la Junta a aceptar la propuesta de Ginorio, nombrando una comisión que realizara las gestiones pertinentes. La mudanza, sin embargo, quedó en nada porque dependía fundamentalmente del traslado a Culebra del Presidio Provincial de La Princesa y este no se materializó.

En 1880, el Ayuntamiento de San Juan construyó un edificio de madera de una sola planta con capacidad para seis pacientes detrás de la cárcel de la ciudad, que albergaba personas errantes con lepra. El centro de detención estaba rodeado por un arrabal de pequeñas cabañas de madera. Lo inadecuado del albergue se hizo evidente de inmediato al Gobierno Militar. Sin embargo, antes de que se pudieran adoptar medidas, el huracán San Ciriaco destruyó la instalación en agosto de 1899. Los pacientes fueron trasladados al sótano de la cárcel de la ciudad que sirvió como una estructura temporal hasta que los funcionarios de salud pudieran seleccionar otro sitio. El 17 de octubre de 1900 los pacientes fueron trasladados al leprocomio en Isla de Cabras. 

De reciente construcción, a lo largo de la parte trasera se ha añadido una incongruente estructura de un solo piso que corre paralela a la edificación original, a lo largo de toda su longitud. Sin embargo, esta adición no es visible desde el exterior.
 

En 1905, el entonces gobernador Todd vendió el edificio mediante subasta pública a la Porto Rican-American Tobacco & Co. convirtiéndola en una fábrica de cigarros. Varios años después, la compañía cerró operaciones y le vendió la propiedad a la destilería Bacardí.

Más tarde, en 1936, José M. "Pepín" Bosch inició negociaciones con el entonces gobernador Luis Muñoz Marín para establecer la Destilería Bacardí en Puerto Rico (Bacardi Corporation of America). En mayo de 1936, un equipo de los destiladores y los mezcladores llegó a Puerto Rico e incluido José Schueg, Guillermo Rodríguez Bacardí y Pedro Lay Bacardí, que se quedaron en la isla. El primer lote de Ron Bacardí se produjo en Puerto Rico en enero de 1937.  En 1939, Bacardí trasladó sus operaciones a la localidad ocupada anteriormente por la compañía tabacalera. En 1958, debido a su crecimiento en el mercado de EE.UU., Bacardí y Compañía mudaron sus instalaciones a Cataño.

En la década de los años cincuenta, la estructura iba a ser demolida. El doctor Ricardo Alegría decidió rescatar el edificio con el fin de ubicar los documentos históricos de Puerto Rico que permanecían dispersos en distintas instituciones nacionales y en Estados Unidos. En 1959, el Instituto de Cultura Puertorriqueña lo compró a un costo de medio millón de dólares. Tras un lento proceso de restauración, en 1973, el AGPR y la Biblioteca Nacional fueron trasladados al edificio. El histórico edificio sirvió además de creación y almacén de escenografías de los Festivales de Teatro Puertorriqueño e Internacional del ICP; y constituyó territorio fundacional de la primera Escuela de Artes Plásticas que dirigiera Miguel Pou y luego pasara a manos de Lorenzo Homar. El único cambio a la estructura ha sido la adición de un edificio en la parte posterior, que ha cerrado totalmente los patios.

La Biblioteca Nacional es un centro de investigación y consultas referente a todas las áreas del conocimiento humano, dándole énfasis a la colección puertorriqueña y del Caribe. La Biblioteca General fue habilitada en virtud de la Ley Núm. 44 del 6 de junio de 1967. Esta ley fue impulsada por Ricardo Alegría, creador, fundador y primer director ejecutivo del Instituto de Cultura Puertorriqueña. La ley permitió la habilitación de la Biblioteca en el Viejo San Juan, con un presupuesto de doscientos mil dólares para la adquisición de libros y gastos operativos. La colección bibliográfica del Instituto, ubicada hasta entonces en el número 305 de la calle San Francisco, fue trasladada en 1967 al Convento de los Dominicos, en la calle Norzagaray, donde permaneció hasta 1973.

La biblioteca se inauguró oficialmente el 11 de abril de 1973. Ese año la Biblioteca fue reubicada en su actual sede en la avenida Ponce de León 500, en Puerta de Tierra, en el edificio conocido como el Archivo General y la Biblioteca General de Puerto Rico. A partir del 2003, la Legislatura de Puerto Rico mediante la Ley Núm. 188 de 17 de agosto de 2003  designó a la dependencia como Biblioteca Nacional de Puerto Rico, ya que en su misión está adquirir, preservar y difundir la bibliografía puertorriqueña escrita y publicada en el País o en el extranjero, por autores puertorriqueños o foráneos sobre temas puertorriqueños.

Entre las colecciones que alberga, se encuentran: Libros Raros de Puerto Rico y General, The Van Deussen Library of Puerto Rico, Children’s Foundation, Colección Puertorriqueña, Eugenio María de Hostos, José S. Alegría, Juan Martínez Capó.

La Biblioteca General cuenta con una Sala de Referencia, Sección de Periódicos y Revistas, Programa de Canje, Casa Biblioteca Concha Meléndez y Sección de Catalogación. La Biblioteca General ofrece charlas, presentaciones de libros, exposiciones, talleres, bibliografías, consulta, referencia sobre las colecciones y participación en ferias internacionales de libros.  Además, brinda información y orientación detallada por teléfono, correo postal o fax a grupos o individuos sobre los recursos de la colección. ofrece préstamo de libros, y da acceso a revistas y periódicos nacionales e internacionales.

Fuentes:
- Adolfo de Hostos, Historia de San Juan, ciudad murada 1521-1898, Instituto de Cultura Puertorriqueña, 1966.
- Adolfo de Hostos, Diccionario histórico bibliográfico comentado de Puerto Rico, Academia Puertorriqueña de la Historia, San
  Juan, 1976.
  -Cardona Karin O. , Diálogo Febrero-Marzo 2009.