El Museo de Historia Natural, del Parque Luis Muñoz Rivera, estuvo instalado en el Polvorín; almacén de pólvora y municiones construido por los militares españoles entre 1769-1772, como parte de la Primera Línea de Defensa. Fue traspasado por las autoridades militares a la propiedad civil el 12 de enero de 1912. No se produjeron cambios en el edificio hasta alrededor de 1932, cuando fue convertido en Museo de Historia Natural. El Administrador del Parque en ese momento, Francisco Valines Cofresí, desarrolló el Museo de Historia Natural alrededor de 1932.

En 1940 el museo quedó suscrito al Departamento de Agricultura según la Ley Núm. 60 de 25 de Abril de 1940, que en el Artículo 10 estipulaba: El Departamento organizará y sostendrá un Museo que mantendrá exhibiciones de etnología, paleontología, numismática, biología, mineralogía, la flora y la fauna de Puerto Rico, y aquellas otras que sean convenientes y de carácter histórico.

Para mediados de 1940, el director de Insular del Servicio de Parques, Miguel A. Barasorda, inició los planes para poner en marcha la creación de un jardín zoológico dentro de los recintos que rodean el almacén. Las jaulas del zoológico fueron construidas en el estilo inconfundible de imitación de madera característico de Víctor Cott. Entre 1945 y 1946, Barasorda gestionó los permisos necesarios de importación para permitir la adquisición de ejemplares recolectados en expediciones realizadas en las cuencas del Orinoco y el Río Amazonas. Perezosos, marsupiales, puerco espines de América del Sur, monos, loros, serpientes anacondas , tucanes, caimanes, entre otros, fueron traídos para el asombro de los visitantes del Parque Luis Muñoz Rivera.
 

El área seleccionada para su creación fue la esquina noreste del edificio del polvorín. El volumen de la PPRA titulado, "“Puerto Rico: a guide to the Island of Borinquén", da la siguiente descripción de el complejo del museo en 1940: "El Polvorín se utiliza actualmente como un Museo de Historia Natural, y contiene minerales que se encuentran en la Isla, especímenes arqueológicos, pájaros disecados, animales y peces. Afuera están las jaulas de los animales vivos, aves, y reptiles. El edificio está rodeado por una profusión de árboles y arbustos en flor. "

 En el 1968 el museo fue transferido al Departamento de Recreación y Deportes, a tenor con lo dispuesto en la Ley Ley Núm. 72, Junio 6, 1968: Se ordena al Secretario de Agricultura de Puerto Rico a transferir al Departamento de Recreación y Deportes el museo del Departamento de Agricultura ubicado en el parque Muñoz Rivera y organizado en virtud de la Ley Orgánica de dicho Departamento, secs. 351 a 362, 366 a 375 y 378 a 385 del Título 3, incluyendo todos sus ejemplares y especímenes, así como los demás bienes y propiedades contenidas en dicho museo, y cuanto es anexo y pertinente al mismo. Según estipulado por ley," los fondos para la operación, mejora y conservación de dicho museo a partir del 1ro de julio de 1968 serían provistos al Departamento de Recreación y Deportes en el Presupuesto General de Gastos para el Funcionamiento del Gobierno". A fin de cuentas, los pocos animales que aún quedaban fueron trasladados al zoológico de Mayagüez.

De 1974 a 1975, el edificio fue intervenido por el arquitecto Sifiontes Orval . En 1992, un proyecto se llevó a cabo por Otto Octavio Reyes Casanova, y muchas de las jaulas del zoológico fueron demolidas y otras adiciones fueron eliminadas. El Polvorín fue restaurado durante el 1994 por el Fideicomiso Nacional de Parques de Puerto Rico .

Entrega de oso polar disecado al museo en 1953. Juan Reinosa Padilla, del Museo; Vicente Berdeguer, de la Kelvinator; Guillermo C. Cintrón, de Insular Distributors; Gáspar Dávila Monsanto, en reperesentación del Secretario de Agricultura y Arturo Gigante, director del Museo de Historia Natural. El Mundo, 6 de noviembre de 1953. Biblioteca digital UPRRP Juan Reinosa Padilla, artífice, taxidermista y curador del Museo de Historia Natural del Parque Muñoz Rivera en la década del '50. El Mundo, 1953.		Arturo Gigante, director del Museo del Parque Muñoz Rivera, sostiene a Enriquito, iguana que capturó en La Mona. Información: El Mundo, 17 de junio de1954. Biblioteca digital UPRRP

Fuentes:

- Álbum de Oro de Puerto Rico: Obra de divulgación cultural en pro de la fraternidad Americana. La Habana: Artes
  Graficas, 1939.
- Archivo General de Puerto Rico. Fondo: Obras Municipales, San Juan. Creación del Parque Zoológico en el Parque
  Luís Muñoz Rivera. Legajo 62t. Caja 329A.
- LexisNexis Leyes de Puerto Rico (L.P.R.A.)
- Catálogo de Propiedades, Registro Nacional de Lugares Históricos, Oficina Estatal de Conservación Histórica, Oficina
  del Gobernador.
- Puerto Rico: A guide to the Island of Borinquen. American Guide Series. Preparado por la PRRA y The Writers
  Program of the Work    Projects Administration, y patrocinado por el Departmento de Educación, Puerto Rico.